W Prey budzisz się na pokładzie Talosa I, stacji kosmicznej orbitującej w 2032 roku wokół Księżyca. Jesteś kluczowym obiektem doświadczalnym w eksperymencie, który na zawsze ma odmienić oblicze ludzkości. Sprawy jednak potoczyły się bardzo źle – stacja została opanowana przez wrogo nastawionych obcych, ty zaś zmieniasz się w ściganą ofiarę. Musisz zapoznać się z mrocznymi tajemnicami Talosa I oraz własnej przeszłości, a jednocześnie przetrwać, wykorzystując znalezione na stacji narzędzia, własny spryt, broń i umiejętności parapsychiczne.